Voor alle leerlingen start het onderwijs met een eenjarige brugklas. De leerlingen volgen tijdens dit leerjaar het onderwijs in niveaugroepen. Op het Ichthus College wordt het onderwijs in de volgende niveaugroepen gegeven:

•    vmbo-tl
•    vmbo-tl / havo
•    havo / vwo
•    vwo
•    masterclass (voorheen vwo-plus)

De afdeling vmbo neemt een eigen plaats in binnen onze scholengemeenschap. Van de vier verschillende leerwegen binnen het vmbo biedt het Ichthus College alleen de theoretische leerweg aan. Deze leerweg is de opvolger van wat voorheen de mavo werd genoemd.

De afdeling kent vijf leerjaren. De havo-opleiding is onder meer bedoeld als voorbereiding op een studie in het hbo. De profielkeuze van de leerling wordt voor een deel bepaald door de eisen die de hbo-opleiding of studierichting aan de toelating stelt.

De afdeling vwo kent zes leerjaren. De vwo-opleiding is onder meer bedoeld als voorbereiding op een studie in het wetenschappelijk onderwijs (wo). De profielkeuze van de leerling wordt voor een deel bepaald door de eisen die de wo-opleiding of studierichting aan de toelating stelt.

Op het gymnasium zijn de vakken Latijn en Grieks in de tweede en derde klas verplicht en kan de leerling in de bovenbouw de keuze maken uit Griek en/of Latijn. Het vak ckv wordt vervangen door kcv (klassieke en culturele vorming)

De leerlingen op het vwo-beta krijgen in klas 2 en 3 één middag in de week op hun niveau modules rond natuurwetenschappelijke onderwerpen. Onderzoek is daar een belangrijk onderdeel.