Voor alle leerlingen start het onderwijs met een eenjarige brugklas. De leerlingen volgen tijdens dit leerjaar het onderwijs in niveaugroepen. Op het Ichthus College wordt het onderwijs in de volgende niveaugroepen gegeven:

•    vmbo-tl
•    vmbo-tl / havo
•    havo / vwo
•    vwo
•    vwo-plus

De docentenvergadering beslist aan het einde van het eerste leerjaar tot welk vervolgonderwijs een leerling wordt toegelaten. Dit kan vervolgonderwijs zijn op de theoretische leerweg van het vmbo, op het havo, het atheneum, vwo-bèta of het gymnasium. In het volgende schema is dit te zien.

De afdeling vmbo neemt een eigen plaats in binnen onze scholengemeenschap. Van de vier verschillende leerwegen binnen het vmbo biedt het Ichthus College alleen de theoretische leerweg aan. Deze leerweg is de opvolger van wat voorheen de mavo werd genoemd.

De afdeling Hoger Algemeen voortgezet onderwijs kent vijf leerjaren. In het vijfde leerjaar rondt de leerling de havo-opleiding af. De havo-opleiding is onder meer bedoeld als voorbereiding op een studie in het Hoger Beroeps Onderwijs (hbo). De profielkeuze van de leerling wordt voor een deel bepaald door de eisen die de hbo-opleiding of studierichting aan de toelating stelt.

De afdeling Voorbereidend Wetenschappelijk Onderwijs kent zes leerjaren. In het zesde leerjaar rondt de leerling de vwo-opleiding af. De vwo-opleiding is onder meer bedoeld als voorbereiding op een studie in het Wetenschappelijk Onderwijs (wo). De profielkeuze van de leerling wordt voor een deel bepaald door de eisen die de wo-opleiding of studierichting aan de toelating stelt.

Op het gymnasium zijn de vakken Latijn en Grieks in de tweede en derde klas verplicht. De leerlingen op het vwo-beta krijgen één middag in de week op hun niveau te maken met modulen.